Высшая школа докторантуры (PhD) была создана 1 сентября 2013 года на основании Решения Ученого Совета УНПК «МУК» №7 от 16 апреля 2013 года.
В соответствии с Национальной стратегией устойчивого развития Кыргызской Республики на 2013-2017 годы и Приказом Министерства образования и науки Кыргызской Республики № 733/1 от 12.12.12 «Об организации эксперимента по разработке и реализации докторских программ (PhD)» в Кыргызской Республике был запущен пилотный проект по PhD на соискание ученой степени доктора философии (PhD).
Высшая школа докторантуры (PhD) (ВШД (PhD)) Международного университета Кыргызской Республики (МУКР) приняла участие в данном пилотном проекте (лицензия № LG 130000028) по направлениям: Экономика и Управление бизнесом.
Всего в проекте МОН КР по реализации PhD программ участвовало 7 университетов: МУКР, БФЭА, КГУСТА им. Н. Исанова, КНАУ им. К.И. Скрябина, КНУ им. Ж. Баласагына и КГТУ им. И. Раззакова.
В рамках проекта МОН КР с участием ВШД (PhD) были разработаны временные нормативно- правовые акты (НПА):- Временные государственные требования для вузов, реализующих пилотные докторские программы (PhD) послевузовского профессионального образования».
- Временный Регламент реализации пилотных докторских программ послевузовского профессионального образования (PhD).
Кроме того, ВШД (PhD) принимала активное участие в составе рабочей группы в разработке НПА КР:- Закон КР от 14 июня 2019 года №71 О внесение изменений в Закон КР «Об образовании»;
- Закон КР от 11 августа 2023 г. №179 «Об образовании»;
- Закон КР от 8 августа 20023 года №170 «О науке»;
- Постановление Правительства КР №601 от 11 декабря 2020 г «Об утверждении актов, регулирующих вопросы подготовки доктора философии (PhD)»;
- Постановление Кабинета Министров КР №517 от 18 августа 2024 г «Об утверждении Положения о порядке организации послевузовского профессионального образования докторантуры PhD/по профилю и присуждения ученой степени доктора философии (PhD)/по профилю»;
- Минимальные аккредитационные требования к PhD программам.
ВШД (PhD) активно занимается и проектной деятельностью. Так с 2019 по 2022 годы в ВШД (PhD) был успешно реализован проект Европейского Союза DERECKA в рамках программы Эразмус + «Развитие PhD докторантуры и научного потенциала в Кыргызской Республике», который был направлен на укрепление научно-исследовательского и инновационного потенциала в Кыргызстане посредством продвижения докторских степеней.
С декабря 2025 года в ВШД (PhD) МУКР стартовал проект Европейского Союза в рамках программы Эразмус + «D-TIDE-KG»
«Цифровая трансформация для инклюзивного докторского образования в Кыргызстане». Проект продлится до декабря 2028 года
В рамках данных проектов сотрудники и преподаватели ВШД (PhD) постоянно проходят стажировки и тренинги на местном и международном уровнях, активно принимают участие в международных конференциях и семинарах.
ВШД (PhD) содействует развитию PhD в КР, обеспечению гарантии качества и его признанию внутри страны и за рубежом.